Esta antigua casona alberga el antiguo molino harinero de Alcuneza. En su época fue el más importante del alto henares y la zona de Sigüenza. Sus cimientos románicos coinciden con la construcción de la catedral de Sigüenza datándose en los siglos XII y XIII.

Se conserva un contrato de arrendamiento en el Molino que data del S XV por el cual, El propietario, que durante siglos fue del cabildo de Sigüenza, arrendaba este molino a un vecino de Alcuneza. Llegó a tener varias muelas y distintos usos, y fue en la era industrial cuando se hizo la última gran reforma como molino harinero, cambiando su maquinaria de madera por una de hierro mucho más potente.

En los años 70, con la industrialización y el acceso a energía eléctrica en zonas rurales, las harineras hidráulicas dejaron de ser rentables el molino de Alcuneza dejo de moler. Se perdió la concesión del agua que servía para moler y toda esta herencia estuvo a punto de desaparecer.

A principios de los 90 la familia Moreno compró la propiedad con fin de hacer su casa, restaurar la casona y volver a hacer moler el molino. Tras una minuciosa reforma pasó a abrir sus puertas como un sencillo y cálido hotel boutique de 11 habitaciones por el que volvía a discurrir el río Henares

Es en 2006 cuando se produce un relevo generacional Samuel y Blanca Moreno toman las riendas del negocio. El como chef y ella como directora.

Coincidiendo con la inauguración de las 7 nuevas suites y el spa, no fue hasta 2009 cuando la maquinaria del molino estuvo de nuevo restaurada y Juan Moreno pudo ver cumplido su sueño de que el molino de Alcuneza volviese a moler.

En 2014 Molino de Alcuneza entra a formar parte de la prestigiosa asociación internacional Relais & Châteaux y dos años más tarde abrió su restaurante, hasta entonces solo para clientes alojados, al público.

En 2018 El restaurante de Molino de Alcuneza y su chef Samuel Moreno obtienen su primera Estrella Michelín.